Motor-kortet för Zoidbot Mk2.1 är ett speciellt tillverkat för just Zoidbot Mk2.1 och monteras monteras ovanpå Arduino-kortet precis som motorkortet för Zoidbot Mk1, men det här kortet kan driva två stegmotorer istället för två likströmsmotorer. Kortet har dessutom diverse kontakter för att enkelt kunna ansluta annan populär hårdvara som t.ex. bluetooth-modul, servon och ultraljudssensorer. Kortet har dessutom en effektiv spänningsregulator som kan ta in spänningar på upp till 30V och ta ner den till 5V som behövs för Arduino-kortet. Drivmodulerna för stegmotorerna kräver högre spänning än vad likströmsmotorerna på Mk1. Det går att köra med 3 18650-batterier (11,1 Volt) men det är starkt rekommenderat att använda 4 celler (14,8 Volt).
Motorkortet använder följande anslutningar på Arduino-kortet:
| Anslutning | Funktion | Beskrivning |
| D2 | Right motor direction | Väljer riktning på höger motor |
| D3 | Left motor step | En puls roterar vänster motor ett steg |
| D4 | Left motor direction | Väljer riktning på vänster motor |
| D5 | Right motor step | En puls roterar höger motor ett steg |
| D6 | Servo 1 | PWM-signal till servo 1-kontakten |
| D7 | Motor enable | En låg signal aktiverar motorerna. |
| D8 | LED Matrix CS | En hög signal aktiverar kommunikation med LED-matris |
| D9 | Servo 2 | PWM-signal till Servo 2-kontakten |
| D11 | MOSI | SPI data-signal till LED-matris |
| D13 | CLK | SPI klock-signal till LED-matris |
| A0 | Bluetooth SEL | Aktivering av programmeringsläg för bluetooth-modul |
| A1 | Ultrasonic trigger | Trigger-signal för båda ultraljudssensor-kontakterna |
| A2 | Ultrasonic echo 1 | Eko-signal från ultraljudssensor 1 |
| A3 | Ultrasonic echo 2 | Eko-signal från ultraljudssensor 2 |
| A4/SDA | SDA | Data-signal till I2C-kontakterna |
| A5/SCL | SCL | Klock-signal till I2C-kontakterna |
Många av anslutningarna går till de olika kontakterna på kortet och om du inte har något inkopplad på dessa kontakter kan du använda anslutningen till något annat. Det är bara D2, D3, D4, D5 och D7 som är upptagna av kortet.
Det är viktigt att notera att pga hur stegmotorer fungerar så drar de ström även om de står helt stilla. Detta kan vara användbart eftersom motorerna kommer vara låsta så länge de har ström och det kan därför fungera som broms. Men för att spara ström är det rekommenderat att deaktivera motorerna genom att sätta D7 hög så snart roboten har stannat.